После учреждения Патриаршества в Москве в 1589 г. Поместный Собор 1590 г. издал деяние с грамотой Константинопольского Патриарха Иеремии II об избрании Патриархом Иова и о Патриаршем титуле его преемников. Это деяние помещено в начале печатной "Кормчей".

В XVII веке Соборы продолжали оставаться высшей церковной инстанцией. Собор 1621 г. при Патриархе Филарете вынес постановление о перекрещивании католиков, лютеран и реформатов, присоединяемых к Православной Церкви. Это постановление в отношении католиков отменено Собором 1656 г., а Собором 1667 г. отменено полностью.

Собор 1666 г. созванный для суда над расколоучителями, издал "Наставления благочиния церковного" как руководство для приходских священников.

Собор 1667 г. при царе Алексее Михайловиче вошел в историю под названием Большого Московского. В его деяниях участвовали Восточные Патриархи: Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. Собор был созван для суда над Патриархом Никоном.

Помимо приговора по делу Патриарха, Собор отменил постановления Стоглава, благоприятные старообрядчеству, а также постановление Филаретовского Собора о перекрещивании западных христиан и запрет священнослужения вдовым священникам и диаконам. Отцы Большого Московского Собора воспретили рукополагать невежд. Священникам Собор повелел обучать своих детей грамоте.

Вступивших во второй брак священнослужителей Собор постановил лишить сана, но дозволять им петь на клиросе или вступать на государеву службу, кроме военной. Мирянам вновь было воспрещено судить клириков за церковные преступления. Повторены были на Соборе прежние постановления о наказании еретиков не только церковными, но и "градскими" казнями. Собор запретил постригать одного из супругов без согласия другого, а также требовать от постригающихся вкладов в монастырь. Запрещено было посвящать за Литургией более одного епископа, священника и диакона, самовольно открывать мощи без предварительного дознания и соборного постановления.

Архимандритам Собор благословил носить митру, если богослужение не возглавляет епископ. По постановлению Собора 1667 г., митрополиты стали носить белые клобуки, а диаконы и священники — скуфью.

Норму взаимоотношений церковной и государственной власти Большой Московский Собор выразил так: царь имеет преимущество в делах политических, а Патриарх — в церковных. Постановления Собора упомянуты в "Духовном регламенте" (1721 г.) как действующие законы. Они были включены в "Полное собрание законов Российской Империи".

Собор 1675 г. пересмотрел "Архиерейский Чиновник" и установил положения о преимуществах и отличиях Патриарха, митрополита, архиепископа, епископа и других иерархических лиц; о последовании мироосвящения и освящения антиминса. Собор запретил священникам отдавать свои места в приданое дочерям, с тем чтобы эти места переходили к зятьям. Постановления Собора были напечатаны как дополнения к "Архиерейскому Чиновнику".

Собор 1682 г., созванный при царе Феодоре Алексеевиче, рассмотрел вопросы о мерах против раскольников, о поставлении священников в русских городах и уездах, отошедших к Швеции, о монастырском и церковном благочинии, о скитающихся монахах и безместных священниках, о призрении нищих. Собор обсудил предложение царя о разделении Русской Церкви на 12 митрополичьих округов и открытии 33 епархий, но с проектом не согласился.

Кроме соборных постановлений, до нас дошли архиерейские грамоты, архипастырские послания и поучения, также относящиеся к рассматриваемому периоду. Из этих актов особенно важен "Наказ" Патриарха Иова 1594 г. о поповских старостах и "Инструкция поповским старостам" Патриарха Адриана, изданные в 1697 г. Часть этих документов вошла впоследствии в "Полное собрание законов Российской Империи" и, следовательно, сохранила юридическую силу.

Церковные правоотношения регламентировались и государственным законодательством. В Московской Руси, помимо Освященных (церковных) Соборов, регулярно созывались Земские соборы. Они издавали важнейшие правовые акты.

С сентября 1648 г. по январь 1649 г. в Москве заседал двухпалатный Собор: в одной палате совещались царь Алексей Михайлович, Боярская Дума и Освященный Собор; в другой — выборные люди от всех чинов Российского государства. Двухпалатный Собор составил Уложение, которое было напечатано в 1649 г. двумя тиражами по 1200 экземпляров в каждом.

"Соборное уложение не имеет прецедентов в истории русского законодательства. По объему оно может сравниться разве что со Стоглавом… Соборное Уложение — первый в истории России систематизированный Закон" [1]. Уложение 1649 г. явилось итогом развития русского законодательства допетровской эпохи.

Первая глава Уложения названа "О богохульниках и о церковных мятежниках". Она предусматривает наказания за совершение церковных преступлений: "Будет кто иноверцы, какия ни буди веры, или и русский человек, возложит хулу на Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, или на рождьшую Его Пречистую Владычицу нашу Богородицу и Приснодеву Марию, или на Честный Крест, или на святых Его угодников, и про то сыскивати всякими сыски накрепко. Да будет сыщется про то допряма, и того богохулника обличив, казнити, зжечь. А будет какой бесчинник пришед в церковь Божию во время Святыя Литургии, и каким ни буди обычаем, Божественная Литургии совершити не даст, и его изымав и сыскав при него допряма, что он так учинит, казнити смертию безо всякия пощады… А будет такой бесчинник кого ни буди в церкви Божий ударит, а не ранит, и его за такое бесчиние бити батоги, да на нем же взяти тому, кого он ударит, бесчестие" [2].

В главе 13 "Уложения" предусматривалось учреждение Монастырского Приказа: "А ныне государь царь и великий князь Алексей Михайлович… указал Монастырскому приказу быти особно, и на митрополитов, и на архиепископов, и на епископов… и на их крестьян, и на монастыри, и на архимандритов, и на игуменов, и на строителей, и на келарей, и на казначеев, и на рядовую братью, и на монастырских слуг, и на крестьян, и на попов, и на церковный причет, во всяких исцовых искех суд давати в Монастырском приказе" [3].

Монастырский приказ учреждался как высшая судебная инстанция по тяжебным делам, (т.е. спорным по поводу того или иного права гражданского) для монастырей, монастырских людей и приходских причтов. Митрополит Новгородский Никон, будущий Патриарх, решительно противился учреждению Монастырского приказа, считая неправомерной судебную власть светских чиновников над духовенством и церковными людьми даже по гражданским делам. Но его протесты остались тщетными.