В отличие от светских судов, которые в современных государствах всюду отделены от административной и законодательной власти, каноническому праву этот принцип чужд. Вся полнота судебной власти в епархии, по канонам, сосредоточивается в лице ее верховного пастыреначальника и правителя — епархиального архиерея. По 32-му Апостольскому правилу: "Аще который пресвитер, или диакон от епископа во отлучении будет, не подобает ему в общение прияту быти иным, но точию отлучившим его, разве когда случится умрети епископу, отлучившему его". Но епископ, имея полноту судебной власти над клириками и мирянами, вверенными Богом его попечению, ведет расследование не единолично, а опираясь на помощь и советы своих пресвитеров.

В синодальную эпоху в России все судебные дела разбирались Консисториями, однако решения Консистории подлежали утверждению со стороны архиерея, который мог и не согласиться с суждением Консистории и вынести самостоятельное решение по любому делу.

На постановления епископского суда Каноны допускают апелляции к областному Собору, т.е. Собору митрополичьего округа (14 прав. Сард. Соб.; 9 прав. Халкид, Соб.). Собор митрополичьего округа — не только апелляционная инстанция, он еще является и первой инстанцией для суда по жалобам клириков и мирян на своего епископа или по жалобе одного епископа на другого. Начало 74 Апостольского правила гласит: "Епископ, от людей вероятия достойных обвиняемый в чем-либо, необходимо сам должен быть призван епископами; и аще предстанет и признается, или обличен будет, да определится епитимия…". А в 5 каноне I Никейского Собора после ссылки на 32 Апостольское правило, говорящее о том, что отлученные одним епископом не должны приниматься другими, сказано далее: "Впрочем да будет изследываемо, не по малодушию ли, или распре, или по какому-либо подобному неудовольствию епископа, подпали они отлучению. И так, дабы о сем происходи могло приличное изследование, за благо признано, чтобы в каждой области дважды в год были соборы".

На решения митрополичьего собора апелляции могут подаваться собору всей поместной Церкви, на суд Поместного Собора идут и жалобы на митрополита. Отцы Халкидонского Собора в заключении 9 правила изрекли: "Аще же на митрополита области епископ, или клирик, имеет неудовольствие, да обращается или к екзарху великия области, или к престолу царствующаго Константинополя, и пред ним да судится".

Русская Церковь с самого начала своего бытия и поныне имеет только две инстанции административной и судебной власти; епархиального архиерея и высшую церковную власть (митрополита, Патриарха с Собором, затем Святейший Синод, а ныне (после 1917 г.) — Поместный и Архиерейский Соборы, а также Священный Синод во главе с Патриархом).

В синодальную эпоху почти все дела, рассматриваемые епархиальным судом, даже без подачи апелляций, подлежали ревизии и утверждению Святейшим Синодом. Исключение составляли лишь дела по обвинениям духовных лиц в таких проступках, за которые полагалось лишь дисциплинарное наказание, бракоразводные дела по осуждении одного из супругов к наказанию, связанному с лишением всех прав состояния, а также разводы из-за безвестного отсутствия крестьян и мещан, и дела по расторжению браков жен без вести пропавших или взятых в плен военнослужащих низших чинов. Такая сверхцентрализация, сужая власть епархиального архиерея, противоречила канонам. Ныне епархиальные архиереи более самостоятельны, чем в синодальную эпоху, в осуществлении своей судебной власти.

По ныне действующему Уставу об управлении Русской Православной Церкви церковным судом первой инстанции является епархиальный совет. Устав предоставляет епархиальному архиерею утверждение взысканий церковного суда.

Согласно ст. 32 (гл. V Устава), "Священный Синод судит:

в первой инстанции разногласия между двумя или более архиереями, канонические проступки архиереев,
в первой и последней инстанции дела против клириков и мирян — ответственных сотрудников синодальных учреждений — за нарушение ими церковных правил и служебных обязанностей,
в последней инстанции канонические проступки священников и диаконов, которые наказаны судами низшей инстанции пожизненным запрещением, лишением сана или отлучением от Церкви,
канонические проступки мирян, пожизненно отлученных за эти проступки от Церкви судами низших инстанций,
все дела, переданные епархиальными судами" [1].

Суду Архиерейского Собора во второй инстанции подлежат разногласия между архиереями и все судебные дела, переданные Собору Священным Синодом. Архиерейский Собор правомочен также в первой инстанции рассматривать догматические и канонические отступления в деятельности Патриарха.

Второй судебной инстанцией по обвинениям Патриарха является Поместный Собор, который во второй и последней инстанции судит также все вообще дела, переданные ему Архиерейским Собором для окончательного решения.