Главой Болгарской Церкви является Святейший Патриарх, который носит также титул митрополита Софийского. Патриарх, согласно Уставу Болгарской Православной Церкви, должен быть не моложе 50 лет; он избирается из числа митрополитов, не менее 5 лет управлявших епархией. Избрание Патриарха совершается на Избирательном Церковном Соборе, в состав которого входят все епархиальные архиереи и по семь представителей от каждой епархии: 3 клирика и 4 мирянина (от Софийской епархии — 6 клириков и 8 мирян), один представитель от ставропигиальных монастырей из числа их игуменов — настоятелей, один — от духовных школ, один от Союза братств священнослужителей, один — от Союза братств церковнослужителей, а также представители (православноверующие) от Национального Совета Отечественного фронта, от Академии наук, от Верховного Суда и Департамента вероисповедания.

По освобождении Патриаршего Престола Председателем Святейшего Синода становится старейший по продолжительности управления епархией митрополит, входящей в малый состав Синода. Он возглавляет Церковь в течение 7 дней до избрания Наместника — Председателя Святейшего Синода. Избрание Патриарха должно состояться не позже чем через 4 месяца после освобождения Патриаршего Престола.

Патриарх Болгарский председательствует на заседаниях Святейшего Синода в полном и малом составе, а также на заседаниях Церковно-народного собора и Верховного церковного совета. Он следит за точным исполнением постановлений высших органов церковной власти. Патриарх представляет Болгарскую Церковь в сношениях с государственной властью и другими Православными Церквами. Он пользуется преимуществом чести перед всеми болгарскими архиереями и носит титул "Святейшества". Вместе со Святейшим Синодом Патриарх рукополагает епископов на кафедры Болгарской Церкви. Он освящает св. миро и управляет церковными общинами, находящимися за пределами Болгарии. Патриарх не решает ни одного вопроса без ведома Синода, но и Синод не может решить ни одного вопроса без ведома Патриарха, или его заместителя, которым принадлежит высшая исполнительная власть в Церкви. Как и всякий архиерей, Патриарх подлежит суду Святейшего Синода в полном составе.

Святейший Синод в полном составе включает в себя всех епархиальных архиереев Болгарской Церкви. Он собирается ежегодно, а в случае необходимости может быть созван на чрезвычайную сессию в любое время. Святейшему Синоду принадлежит высшая церковная власть. Он несет попечение о единении Болгарской Церкви со Вселенским Православием, следит за православной чистотой проповедуемого в Церкви учения, за правильным совершением Таинств и богослужений. Синод обладает правом рукоположения епископов и избрания митрополитов, приготовления св. миро, канонизации святых. Святейший Синод заслушивает доклады епархиальных архиереев, рассматривает жалобы на архиереев и должностных лиц по делам, подведомственным Синоду. Синод назначает высших должностных лиц, присуждает церковные отличия, открывает новые монастыри и духовные школы, утверждает церковный бюджет. Вместе с Патриархом Святейший Синод поминается за богослужением во всех храмах Болгарской Православной Церкви.

Святейший Синод в малом составе включает в себя Патриарха и четырех епархиальных митрополитов, избираемых полным составом Синода сроком на 4 года из числа архиереев, не менее 2 лет управлявших своими епархиями. Святейший Синод в малом составе заседает постоянно и сам устанавливает для себя каникулярное время. В периоды между сессиями Синода в полном составе он осуществляет его функции по управлению Церковью. Синод в малом составе подотчетен Синоду в полном составе. Решения на заседаниях Синода как в полном, так и в малом составе принимаются большинством голосов. При равенстве голосов перевес дает голос Председателя.

Церковно-народный Собор состоит из всех архиереев, находящихся на кафедрах и из представителей епархий: от каждой по 3 приходских священника и по 4 мирянина; в него входят также представитель от ставропигиальных монастырей из числа их настоятелей, по одному преподавателю от высших и средних духовных школ, избранных преподавательскими корпорациями; 5 духовных лиц с высшим образованием и 5 мирян из числа церковно-общественных деятелей, кооптируемых самим церковно-народным Собором путем тайного голосования; по одному представителю от Союзов братств священнослужителей и церковнослужителей, главный секретарь Святейшего Синода по должности. Председателем церковно-народного Собора является Патриарх или его заместитель. Церковно-народный Собор заседает один раз в 4 года, а при необходимости собирается на чрезвычайные заседания в любое время. К компетенции Собора относится внесение изменений и дополнений в Устав Болгарской Православной Церкви по предложению Святейшего Синода или половины членов Собора. Собор принимает, изменяет и дополняет церковно-законодательные акты, заслушивает и утверждает отчеты Верховного Церковного Совета по хозяйственной, финансовой и благотворительной деятельности Церкви. Решения церковно-народного Собора по вопросам вероучительным (догматическим), каноническим и богослужебным вступают в силу, если в течение 15 дней не поступило протеста на них со стороны Синода. В случае такого протеста эти решения поступают на обсуждение очередной или чрезвычайной сессии церковно-народного Собора.

Верховный Церковный Совет при Святейшем Синоде возглавляет Патриарх или его заместитель. В него входят: один член Святейшего Синода в малом составе, два клирика и два мирянина в качестве постоянных членов Совета и столько же дополнительных членов Совета, избранных церковно-народным Собором сроком на 4 года. Верховный церковный Совет распоряжается общецерковным и синодальным имуществом и денежными средствами, управляет церковным хозяйством. Он предоставляет на утверждение Синода в полном составе проект церковного бюджета. Все решения Верховного Церковного Совета вступают в силу после их одобрения Святейшим Синодом в малом составе. Если Синод в малом составе отклоняет решение Верховного Церковного Совета, то оно рассматривается Синодом в полном составе, вывод которого является окончательным. Верховный Церковный Совет отчитывается за свою деятельность перед церковно-народным Собором.