В межсоборный период высшую законодательную, исполнительную и судебную власть осуществляет Священный Синод во главе с Патриархом. Синод ответственен перед Поместным и Архиерейским Соборами.

Он состоит из председателя — Патриарха или Местоблюстителя, — а также 6 постоянных и 6 временных членов — епархиальных архиереев. Архиерейский Собор 1989 г. внес изменение в Устав, расширив Состав Синода. Устав в первоначальной редакции Поместного Собора предполагал наличие в Синоде 5 постоянных и 5 временных членов. Постоянными членами Синода являются глава Украинской Православной Церкви Блаженнейший Митрополит Киевский и всея Украины; а также митрополиты Санкт-Петербургский и Ладожский; Крутицкий и Коломенский; Минский и Слуцкий, Патриарший Экзарх всея Белоруссии; и по должности — управляющий делами Московской Патриархии и Председатель Отдела внешних церковных сношений. Временные члены вызываются на одну сессию по старшинству хиротонии по одному архиерею от каждой группы, на которые разделяются епархии. Епископы вызываются для присутствия в Синоде не ранее двухлетнего срока пребывания их на кафедре, которую они занимают на время вызова в Синод. Синодальный год разделен на две сессии: летнюю (с марта до августа) и зимнюю (с сентября по февраль).

Если Патриарх не может председательствовать на заседании Синода, он замещается старейшим по хиротонии постоянным членом Синода. Секретарем Синода является Управляющий делами Московской Патриархии. Дела решаются в Синоде общим согласием или большинством голосов. При равенстве голосов голос Председателя дает перевес.

Статья 20 главы V Устава гласит: "В тех случаях, когда Патриарх признает, что принятое решение не соответствует пользе и благу Церкви, он заявляет протест. Протест должен быть сделан на том же заседании и затем изложен в письменном виде в семидневный срок. По истечении этого срока дело вновь рассматривается Священным Синодом. Если Патриарх не найдет возможным согласиться и с новым решением дела, то оно приостанавливается и передается на рассмотрение Архиерейского Собора. Если отложить дело невозможно и решение должно быть принято незамедлительно, Патриарх действует по своему усмотрению. Принятое таким образом решение выносится на рассмотрение чрезвычайного Архиерейского Собора, от которого и зависит окончательное разрешение вопроса" [1].

В обязанности Священного Синода входит попечение о неповрежденном хранении и истолковании православной веры и норм христианской нравственности и благочестия, поддержание единства с братскими Православными Церквами, организация внутренней и внешней деятельности Церкви; толкование канонических постановлений и разрешение затруднений, связанных с их применением, рассмотрение богослужебных вопросов, издание дисциплинарных постановлений, поддержание должных отношений между Церковью и государством, поддержание экуменических и межцерковных связей, выражение озабоченности общественными проблемами, обращение с посланиями к полноте Русской Церкви.

Священный Синод избирает и назначает архиереев, перемещает их в исключительных случаях и увольняет на покой; вызывает архиереев на синодальные сессии, рассматривает отчеты епископов. Синод назначает руководителей синодальных учреждений и их заместителей, ректоров духовных школ, утверждает проректоров и инспекторов духовных школ. В случае необходимости Синод образует комиссии и иные рабочие органы.

Священный Синод руководит деятельностью синодальных учреждений, рассматривает и одобряет центральный церковный бюджет, сметы синодальных учреждений, духовных школ и соответствующие отчеты.

Синод вносит изменения в наименование епархий, одобряет создание епархиальных учреждений, одобряет уставы монастырей, утверждает, а в исключительных случаях и назначает настоятелей и настоятельниц монастырей, за исключением монастырей экзархата, учреждает ставропигии. По представлению Учебного комитета он утверждает учреждение новых кафедр в Духовных Академиях, уставы и учебные планы духовных школ, программы Семинарий.

В судебные права Священного Синода входит суд в первой инстанции разногласий между архиереями и канонических проступков епископов; суд в первой и последней инстанции дел против сотрудников синодальных учреждений. Синод судит в последней инстанции священников и диаконов, запрещенных, лишенных сана или отлученных от Церкви судом первой инстанции, а также мирян, отлученных от Церкви судами первой инстанции.

Синодальные учреждения создаются и упраздняются Поместными и Архиерейскими Соборами или Священным Синодом и подотчетны им. Во главе синодальных учреждений стоят лица в архиерейском сане, назначаемые Синодом.

К числу синодальных учреждений в настоящее время относятся Управление делами Московской Патриархии с канцеляриями Патриарха и Синода, Синодальной библиотекой, отделами и архивом; Отдел внешних церковных сношений; Издательский отдел; Хозяйственное управление; Учебный комитет; а также образованные на основании определения Священного Синода от 29-31 января 1991 г. Отдел по религиозному образованию и катехизации и Отдел по благотворительности и социальному служению. "Синодальные учреждения являются координационными органами по отношению к аналогичным учреждениям, действующим в пределах экзархатов или епархий" [2].

Синодальные учреждения действуют на основании Положений, утверждаемых Священным Синодом.