В 1722 г. указом императора учреждается должность Синодального обер-прокурора. Инструкция обер-прокурора была буквально списана с Инструкции генерал-прокурора при Сенате. Обер-прокурором, по мысли Петра I, должен был назначаться "из офицеров добрый человек…". Ему вменялось в обязанность быть "оком государя и стряпчим по делам государственным" [1].

Со временем, особенно в XIX веке (при князе Голицыне, Протасове, Победоносцеве), права обер-прокурора были расширены настолько, что из чиновника, контролирующего ведение синодальных дел, как это было предусмотрено в Инструкции, он стал полномочным министром, ответственным перед императором не только за соблюдение юридической формы в деятельности Синода, но и по существу.

В круг обязанностей обер-прокурора входило:

наблюдение за исполнением государственных законов по Духовному ведомству и контроль за своевременным исполнением дел;
просмотр протоколов Святейшего Синода, прежде чем они будут приведены в исполнение;
представление докладов Синода императору и объявление Синоду Высочайших Повелений;
присутствие на заседании Государственного Совета и Комитете Министров по делам Православной Церкви;
через обер-прокурора осуществлялись все сношения Синода с министрами и другими высшими светскими начальниками;
к нему на предварительные заключения поступали все рассматриваемые в Сенате дела, которые касались церковной недвижимости;
обер-прокурор являлся главным начальником для светских чиновников, состоявших на службе в Духовном ведомстве.

Как государственный сановник, равный по своим правам министрам, обер-прокурор имел при себе заместителя — товарища обер-прокурора и канцелярию, подобную департаментам при министерствах. Эта канцелярия была учреждена в 1839 г. Кроме канцелярии обер-прокурора, существовала еще Канцелярия Святейшего Синода, но и она подчинялась обер-прокурору. В ней рассматривались и подготавливались дела, которые утверждались Синодом.