Отпадение Константинопольского Патриарха Иосифа и присланного им на Русь митрополита Исидора в унию послужило толчком к исторически назревшему событию — отделению Русской Церкви от кириархальной Константинопольской Церкви. Преемник Исидора митрополит Иона поставлен был в 1448 г. Собором русских епископов без утверждения Патриарха. С тех пор, даже после падения унии на греческом Востоке, русские митрополиты посвящались самостоятельно собором русских епископов и для поставления в Константинополь больше не ездили. После завоевания Византии турками для русских, освободившихся от Золотоордынского ига, стало невозможным оставаться в церковной зависимости от Константинопольского Патриарха, оказавшегося в неволе у "поганых агарян".

Историки предполагают, что некоторое время после учреждения автокефалии митрополия находилась под отлучением Патриарха, но позже в Константинополе смирились с совершившимся фактом, хотя официально автокефалию Русской Церкви не признавали. Об этом свидетельствует следующее обстоятельство: когда в конце XVI века велись переговоры об учреждении Патриаршества, Константинопольский Патриарх Иеремия предлагал вначале дать Русской Церкви автокефального архиепископа. Следовательно, до тех пор он еще не признавал ее автокефальной, но нужда заставляла Патриархов обращаться в Москву за милостыней, и между Константинопольской Патриархией и Московской митрополией вскоре после 1448 г. восстановилось церковное общение.

Мнение Н.С. Суворова о том, что в XVII веке во время суда над Патриархом Никоном и даже еще при Петре I автокефалия Русской Церкви не понималась "в том неограниченном и безусловном смысле, в каком она понимается теперь" [1], основано на искаженном представлении о характере автокефалии, отождествляемом канонистом с государственным суверенитетом. Неограниченной и безусловной автокефалии поместной Церкви по существу быть не может, ибо Вселенская Церковь — это единый живой организм, а не федерация отдельных, совершенно независимых друг от друга Церквей. Поместные Церкви не находятся в подчинении одна у другой, однако они взаимно соподчинены и образуют кафолическое единство. Поэтому участие Патриархов греческого Востока в суде над Патриархом Никоном, которое не являлось безусловно необходимым, но вполне допускалось с канонической точки зрения, не свидетельствует о неполной автокефалии нашей Церкви.

Другое дело, что сами восточные Патриархи, принимая челобитные от русских и творя суд по этим челобитным во время своего пребывания в России, превышали принадлежащие им законные полномочия и тем самым свидетельствовали о свойственных им неосновательных, но традиционных притязаниях на исключительное, привилегированное положение греческой Церкви. Такое церковное, государственно-правовое, историческое и этническое правосознание, характерное для греков, внутренне противоречиво. Если современные греки рассматриваются как ромеи, то совершенно очевидно, что ромеи они вовсе не в этническом смысле: этнические ромеи (римляне) — это латиняне, а в том смысле, общепринятом в Византийскую эпоху, в каком все православные христиане — ромеи. Противопоставляя себя славянам и другим негреческим православным народам как варварам, они, в сущности, начинают мыслить о себе как об эллинах в том сложившемся в первые века христианства смысле, когда эллины противопоставлялись христианам. В Церкви же нет места для национального превозношения, тщеславия и амбиций.

Св. Иона, первый автокефальный русский первоиерарх, имея резиденцию в Москве, носил еще титул митрополита Киевского и всея Руси. Преемник его Феодосий был титулован уже как Московский митрополит.

После установления в Москве автокефалии западные русские епархии образовали отдельную митрополию, вначале называвшуюся по-старому — Киевской и всея Руси, — а потом менее притязательно — Киевской и Галицкой. До своего воссоединения с Московской Патриархией в конце XVII в. она оставалась зависимой от Константинопольского Патриархата.

Права автокефальных Московских митрополитов относительно подчиненных ему епархий соответствовали канонам (Апост. 34, 16, 20; I Всел. 4, 6; Ант. 9; IV Всел. 9, 19). Митрополиты созывали епископов на Соборы и председательствовали на них. Принято было за правило, чтобы архиереи собирались в Москву для совещаний не реже одного раза в год. В случае необходимости епископы собирались чаще. Бывало и так, что, собравшись в Москве по требованию обстоятельств, архиереи надолго задерживались в столице, составляя с малыми промежутками времени целый ряд Соборов, В иных случаях созывался Собор "из прилучившихся в Москве епископов", подобный Константинопольскому "синоду эндимуса". Для этого почти все архиереи имели в Москве свои постоянные подворья. Характерно и то, что в Соборах принимали участие не только архиереи, но и архимандриты, игумены, пресвитеры, носители светской власти: князья, цари, бояре.

Из Поместных Соборов Русской Церкви, когда она была автокефальной митрополией, особую историческую значимость имели следующие: 1491 г. — о продолжении пасхалии на 8 тысячу лет; 1503 г. — против жидовствующих и о монастырском землевладении; 1577 и 1549 гг. — о канонизации русских святых и 1551 г. — издавший свод законов об устроении церковного порядка — "Стоглав". Соборы созывались также и для решения текущих дел: рукоположения епископов на вдовствующие кафедры, суда над архиереями.